Krakowska Akademia im. Andrzeja Frycza Modrzewskiego jest pierwszą niepubliczną uczelnią w Polsce, która otrzymała uprawnienia do realizowania kształcenia na Kierunku Lekarskim. Nauka prowadzona jest na jednolitych studiach magisterskich.

Kształcenie na Kierunku lekarskim w Krakowskiej Akademii im. Andrzeja Frycza Modrzewskiego przygotowuje do wykonywania zawodu lekarza. Celem nauki jest między innymi: poznanie i zrozumienie budowy i funkcji organizmu człowieka w warunkach prawidłowych i patologicznych, objawów i przebiegu chorób, sposobów postępowania diagnostycznego i terapeutycznego w różnych przypadkach, metod prowadzenia badań naukowych, czy też społecznych i prawnych uwarunkowań wykonywania zawodu lekarza.

W ramach studiów na Kierunku lekarskim w Krakowskiej Akademii im. Andrzeja Frycza Modrzewskiego realizowany jest zintegrowany program, w znacznej mierze oparty na modułach przekraczających granice tradycyjnych dyscyplin i specjalności. Nauczanie przedmiotów podstawowych odbywa się w ramach modułów takich jak np.: Układ nerwowy, Układ krążenia i oddechowy, Układ pokarmowy czy Układ moczowo- płciowy, które łączą treści z zakresu anatomii, radiologii, histologii i fizjologii. Zintegrowane jest również nauczanie przedmiotów klinicznych. Tutaj występują takie moduły jak: Kardiologia, Gastroenterologia, Choroby układu endokrynnego czy Choroby nerek i dróg moczowych, na które składają się zagadnienia właściwe dla chorób wewnętrznych, chirurgii, pediatrii, diagnostyki obrazowej i laboratoryjnej czy medycyny nuklearnej.